El sistema inmunológico es el sistema de defensa más importante que tiene el organismo frente a las agresiones de virus, bacterias y otras sustancias extrañas. Su función consiste en reconocer cada uno de los tejidos, de las células y de las proteínas del organismo para distinguirlas de una amplia variedad de agentes patógenos, a los que debe destruir. En este proceso tienen gran importancia los linfocitos T que forman parte de los glóbulos blancos sanguíneos. Normalmente durante el desarrollo fetal el sistema inmune aprende a distinguir las sustancias propias del organismo, inactivando o destruyendo los linfocitos T que reaccionaron frente a las mismas. Pero si éstas células no son inactivadas o destruidas, más adelante pueden desarrollar un clon incapaz de distinguir entre lo propio y lo no propio, generando una reacción autoinmune.

En una persona con una enfermedad autoinmune, su sistema inmunitario ataca erróneamente a células, tejidos y órganos de su propio organismo. Este desajuste puede afectar solo a un tejido, a un órgano o a varios, e incluso producir cambios en los tejidos. Nuestro sistema inmune cada vez verá más esta zona como un cuerpo extraño. Es un caso parecido a las alergias, donde el cuerpo reacciona de un modo desproporcionado frente a sustancias ,que en si, no son ningún peligro para nuestra salud. Los órganos y tejidos más afectados habitualmente son: la piel, los músculos, las articulaciones, los glóbulos rojos y otros componentes de la sangre y algunas glándulas como el páncreas o la tiroides.

Como consecuencia de esta reacción, se genera un proceso inflamatorio sobre el órgano o los órganos, que desencadena una pérdida en la funcionalidad de dicho órgano deteriorando la calidad de vida del paciente y poniendo en riesgo su vida. En algunos individuos, las enfermedades autoinmunes se manifiestan después de años de funcionamiento normal del sistema inmune.